Os docentes do Agrupamento de Escolas Fragata do Tejo distribuem-se pelos seguintes departamentos:
Pré-escolar
Coordenadora: Educadora Ana Isabel Matos
1º Ciclo
Coordenadora: Prof.ª Sylvie Generoso
Línguas
Coordenador: Prof.º Tiago Machete
Matemática e Ciências Experimentais
Coordenadora: Prof. ª Lina César
Ciências Sociais e Humanas
Coordenadora: Prof.ª Maria Alina Pereira
Expressões
Coordenadora: Prof.ª Patrícia Santos